第九关：长官Keyes
+第九关：长官Keyes
在摧毁所有的发生器之后，接下来的任务是潜入敌人的飞船寻找失踪的Keyes，Cortana此时已掌握了在光晕传送的技术，于是将主角传送到下一个任务地点，这里是第三关所到过的那艘巡洋舰，地形和场景会有所不同。
任务：寻找前往控制室的通路
主角被传送到飞船内部后，目标是前往控制室寻找长官Keyes，开始携带的武器是攻击来复枪和手枪。由起始的走廊行进，右侧即是控制室，不过大门紧闭不得而入，走不多远会收到长官的通讯：“Chief, don't be a fool... leave me...”，声音嘎然而止，与长官失去联络(A)。沿走廊继续前行，由尽头的门出去，在T字路口看到敌兵由左往右跑过，循踪过去发现两伙怪物在混战(，清除存活者往左边走廊行去，推门看到前方是个有怪物活动的大厅，不过前方有正大的深坑不能跳跃过去，这时身后有怪物蜂涌而至，根据Cortana的提示由前方的深坑跳下去?。
任务：另寻通路潜入巡洋舰
跳到巡洋舰的下方峡谷，由水池前行看到两伙怪物在激斗，往右侧的水池里走可找到通道穿出去，在一方水塘附近又有怪物在激战，小心地清除它们，站到水塘旁的山丘上可望到圆形石柱后有坡道往上延伸，沿山径前行会收到Cortana的通讯，屏幕上会出现目标距离显示，大至有200米左右。
沿山径走到尽头可看到下方是一片池塘，左前方是一个峡谷入口，那里仍有敌人在交火，先清扫下方的敌人，再跳下池塘进入峡谷通道，往上走穿过一道洞口跳到下面，沿峡谷行到两片水池的地方往左侧探寻可找到出路，沿通道继续走出去是一片开阔地带，可看到正中的高台上有蓝色的光柱茏罩，那里就是巡洋舰的传送入口。
任务：清除传送入口的敌人
这里的怪物会互相攻击，先让它们消耗一下兵力，先往右边水池边找到护盾，再沿顺时针方向绕过去下方的怪物清理掉，沿斜坡跑上平台潜入巡洋舰内部。
任务：按照Cortana的引导返回控制室
由开始的房间仅有的一道门到走廊(D)，左转两次来到一个大厅的二层平台(E)，可看到下层有敌兵在逡巡，不用管它们，沿平台行到大厅的另一端由大门到走廊，左转三次沿斜坡下去来到方才大厅的底层(F)，杀掉底层的敌兵，由正对的大门到走廊，左转后在地上找到一个六边形形的孔洞跳下去(G)。
落地后(H)往右转沿走廊一路杀过去来到大厅(I)的二层平台，清扫敌军后在左侧找到两道大门入口，左侧的门(J)通往大厅的底层(K)，右侧的门则通往大厅的三层平台(L)，选择右侧的门进去。
任务：营救长官
来到三层平台由对面的门(M)进去，沿走廊前行会听到长官Keyes惨叫声，Cortana摧促主角赶快行动，恐怕长官坚持不了多久了。沿走廊前行进入控制室(N)，在正中的圆台上发现长官Keyes已经变异为一只怪物(O)，无奈主角只好从它脑中取出了芯片，按照Cortana的提示逃离这里。
任务：逃离
接下来的行动是逃离控制室，经由来路返回到之前的大厅二层，这里可以选择由另一道门沿走廊到一层，或者直接由二层平台跳下去(会受伤)，将大厅的怪物消灭，这时会有一只运输机出现并送下两辆飞行器，将出现的所有敌人清除后驾驶飞行器返回到母舰……
