主线-终章
+终章 为拯救人类世界而战斗
为了拯救人类，粉碎伊丽莎白的阴谋，需要从8名同伴中选择6名去寻找伊丽莎白，另外两名留下来打听旧时代人类对付使徒的方法。
【美若因】
一路上，横尸遍野，抵达美若因后，在路中央召开作战会议，席琳回忆起古人对付使徒使用的是核武器，这种武器在古代人的方舟上仍可能存在，但通往方舟的阶梯在哪儿呢？答案是坤斯特拉利恩。
【坤斯特拉利恩】
刚刚抵达坤斯特拉利恩，就在门前发现了一名濒死的老者，他把帝国的象征-玉玺交给了登兹。继续向北进入宫殿里便可启动通道，然后移动到坤斯特拉利恩地下。一直顺路前进就会发现通往方舟的通道。
【方舟】
经过通道抵达方舟后，方舟突然自行启动了。跟1楼的士兵谈话后得知这个方舟一共有13层，伊丽莎白可能在最顶层，要想上楼必须打开各楼的启动开关。
每个楼层都有12个房间（A-L）。下图中巨球为蓝色的巨大半球，●为上下层移动的电梯（蓝色中心），→代表中心圆的出口方向，开关一般为闪烁的蓝色按钮，有大有小。
如图所示：
第1层：开关在A；中心点有保管箱
第2层：开关在F
第3层：开关在L；D有储存点
第4层：开关在K
第5层：开关在G；同时要把D里面的密码锁也打开（密码1201）
第6层：开关在I；J有储存点
第7层：开关在J
第8层：开关在G，依次跳上台阶顶端
第9层：开关在L
第10层：开关在H
第11层：开关在F，进入房间后把罗盘上北，走向最下边点击空中的蓝色大按钮。
第12层：先到K启动补助电源，再到F（中间柱子上）打开开关，最后到 I 恢复资料；J有储存点
第13层引擎房：爬上最顶端拿到盖亚理论
然后返回最底层，电梯居然只能一层层下去。到达入口处后，遇到伊丽莎白，她召唤出使徒攻击西斯。就在千钧一发之际，世界的创造者阿胡拉出现，称西斯是她的儿子，她将自己所有的力量都借给西斯。伊丽莎白见状不妙瞬移走了。夹克老头又出现……这家伙总是在这种时候出现。
方舟遭受破坏开始坠落，幸亏有西斯的魔法保护才得以安全着陆，来到了伊甸。
【伊甸】
又要选择队员了。旁边有保管箱和储存点。准备好后大部队前进，迎接最终的决战。沿着大路一直走，就会看到地下铁的入口，再走下去就会进入迷宫。第一部分的出口在东北方，第二部分在西北方。离开迷宫前记得先存档，因为一出去就会遇到变成妖怪的龙斯特乐，它的诅咒会使队员混乱，攻击自己人，可以用圣水消解或者用艾的恢复术。打败他以后从地铁出来，上断桥向北走，可以找到另外一个地下铁。从迷宫出来会再次遭遇龙斯特乐，干掉他后一定要存档，然后前往最后的决战场。
伊丽莎白并不难对付，打败她后，她会召唤出的破坏之神阿劣曼（BP是51 200，HP是14 400），定身类魔法，下毒，扔十字架，直接攻击等等自己看着办吧。艰难的战斗终于结束了，最后的结局不多说了。结束动听的尾曲后，还有一段搞笑版的NG片断。
