《三国群英传3》在游戏方法和流程上的改善十分明显，不再是以往的按武将数来决定行动次数，而是依照占领的城市数量用令牌的方式来实现的，初看是特色被削弱了，可原先每年才一次的内政如今是每月一次，所以实质上是让游戏更加真实了。战争等选项被融入其中，玩过光荣的《三国志》系列的玩家会很快上手。
内政介绍：
一，内政包括：移动、搜索、开发、人才、物品指令。
移动：运用这个命令选取我方出发城市和其中武将，可以另其移动到临近的我方城市或空城中。常用于调度金钱和部队之用。（在大城市之间通常都会有关卡，无势力的关卡只需经过即可占领，但关卡内不能囤派武将把守，当敌人攻打时，可以从近邻城市调集部队迎战。）
搜索：我方武將在其所在城市寻找物品，通常包括兵符、阵法、武器、马匹等，高级物品只有级别高的武将才能找到，在野武将也能通过搜索找到，不过必须符合它的出场时间。
开发：开发可以提高一个城市的开发度，这关系着此城的收入和人口，上限为999，开发度越高就能驻扎更多的武将和预备兵。根据每个武将的能力不同，开发的数值也不尽相同。
人才：把招降和招揽集中在了一起。其中招降是劝说被俘虏的敌将归顺我方，这和对方的忠诚度有着直接关系，不过它是会随着时间的流逝慢慢降低的。招揽是对别国的武将进行游说，但之前必须对该国进行调查，选择对象和使者后可以根据不同情况采取赠送宝物、给予金钱和游说三种方法。
物品：物品一般都有级别限制，装备不同武器可以增加武将的武力值，书籍可以增加智力值，宝物增加忠诚度，马匹增加移动速度，药材增加体力值和技力值。兵符和阵法是所有武将都能学习的。
二，军政包括征兵、训练、战争、整备、调兵指令。
征兵：运用金钱增加武将所在城的预备兵力，之后可以调整所带兵数，征兵的数量的多少受武将能力搞定的影响。
训练：提高城内所有武将所带部队的士气，士气影响着士兵在战斗时的攻击力。
战争：扩张领土的不二法门，可以从我方城市中选取最多十五名武将出征，指定攻打城市后如果附近有邻近我方城市和联盟城市，还可以调集援军协助作战，最多依旧是十五名武将。选择武将时还可以指定“主将”和“军师”，军师在野战时可以施展军师技辅助进攻。
整备：可以整武选定將将的阵型、兵种、必杀技及其选择学习武将技和军师技。随着武将等级的提高，会习得不同的必杀技，例如：生擒、大喝、挑战、一击、乱舞、气旋等，这些都会在百人战或单挑时随机施展出来，经常能起到逆转战局的作用，不过可惜最多只能选择三种。
调兵：将城中的预备兵、武将所带部队做互补调整，其实在出征时也可以调兵。
三，外交包括同盟和结盟指令。
同盟：在游戏初期，诸侯割据，群雄并起之时，许多弱小势力都是通过结盟的手段来寻求自保的。决定同盟对象后指派使者，再根据友好度的高低从赠送宝物、给予金钱和游说三种方法之中选择一种。即使失败也会增进两国关系，之后就不会担心盟国来进攻，当遭到入侵时，还能寻求盟军的支援。
解盟：派遣使者与盟国解除盟约。
