轩辕剑3外传：天之痕

故事发生于轩辕剑参的一百五十年前..

公元六○一年，北朝名君隋文帝在派兵将南朝陈国消灭后，结束了中国南北朝这几百年长期以来的分裂局面，陈国遗民因祖国灭亡而感到愤怒，于是集结了数万兵马，兴兵起意，意图复兴陈朝。

隋文帝立即下令平乱，但让人讶异的是，朝廷的平乱部队竟然只有不到二十骑的兵马，为首之人竟也是一位年仅十岁的少年，这位身披著斗篷的神秘少年以一把神秘的「黄金剑」，仅仅用了一击便将数万军马的陈朝军队一瞬间消灭殆尽，自此令所有意图反抗者闻之色变，再也没人敢起兵反叛朝廷。

十六年后，主角陈靖仇随师傅陈辅至伏魔山寻找崑崙镜时，不慎放出上古魔兽「饕餮」，陈辅将自己与其一同冰封于洞中，命陈靖仇到雷夏泽寻找公山师伯前来搭救。在经过月河村时，遇到了为救弟弟而自愿当作祭品的白髮女孩于小雪，陈靖仇出于正义，救下小雪，但月河村民被愤怒的鲛精全部杀死。村中残馀的老少一齐赶走二人，靖仇便与小雪一同展开旅程。陈靖仇找到公山师伯，却得知其已被宇文拓打成重伤，于是陈靖仇决定寻找上古神器神农鼎炼药，医治师伯。

两人行经黑山镇，救下了被妖魔官兵击倒的拓拔玉儿，但玉儿却认爲两人与隋军乃是一伙。此时张烈出现，款待两人以示报答。原来神农鼎原是鲜卑族圣物，现却已被宇文拓抢走。拓拔玉儿偷听到张烈蒐集回的情报，得之神农鼎在龙舟上，决定冒险抢回神农鼎。众人潜入龙舟上，并得知神农鼎其实是贋品。后来玉儿行刺隋炀帝未果，被陈靖仇救下跳海逃生。靖仇、小雪与玉儿一同进入山寨夺鼎，不料却被变身成宇文拓的独孤宁珂带走。三人为了调查鼎的下落而到了泰山，此时宇文拓的部队在山顶发动「万灵血阵」，将一座有六万人口的城市完全摧毁。后来三人在河边的小船上遇见独孤宁珂，并拿回了神农鼎。

陈靖仇炼好了药，公山师伯却已病故，于是三人听从师伯的建议前往海上求仙。海上航行时，被受惊的鲸鱼神兽「巨海」吞入，误闯了「氐人族」领地。在氐人族女王的求助下，三人帮忙除去了不断吞食氐人族的黑龙王，但拓跋玉儿却中了黑龙王的计谋，取下崆峒印，破坏了氐人族青春不老的结界。玉儿在极度愧疚下挥刀毁容，以致生命垂危，于是氐人女王带三人前往仙山岛。在仙山岛山路中，拓跋玉儿突然发高烧，即使服用了神农鼎炼化的药也未见起色，小雪为救伙伴毅然割臂献肉终于令玉儿退烧。好不容易在对弈亭找到仙人，仙人却不予理会。陈靖仇和小雪苦苦肯求，仙人终被三人的友谊所感动。隔日仙人命陈靖仇与小雪去取血露蟠桃，不料在取得血露蟠桃时，刑天突然出现，两人不敌，刑天说必斩下一人手臂。两人争著砍自己手臂，此时御剑老仙人出现，原来这只是一个给摘桃者设下的考验。终于，并由古月仙人医好了玉儿，一行人来到伏魔山，救出了陈辅。

三人与陈辅离开仙界，途中遵照白鹿精指示来到长沙，再度遇到独孤宁珂，并毅然决定支援三人阻止宇文拓。经过一连串争夺后，因爲宇文拓挟持了陈辅为人质，陈靖仇只好而交出了自己拥有的所有神器。后来宇文拓独自去敦煌拿伏羲琴而将鼎、印、石三样神器放到皇家宝库，众人终于在与宁珂郡主裡应外合下将神器全部盗出。于此同时小雪也因连日的剧烈头疼而病倒。某日，小雪竟盗走神器投奔宇文拓而去。面临了小雪的背叛，拓跋玉儿在宁珂郡主的帮助下，潜入太师府，向小雪询问实情。原来小雪其实是女娲石转世，而身为崑崙镜转世的宇文拓所作的一切都是为了修补「神州九天结界」。不料离去时，宁珂杀害了玉儿，并引来陈靖仇，将玉儿之死嫁祸给小雪。

陈靖仇带著玉儿的尸体来到仙界，不料仙人外出，玉儿还是死去。陈靖仇心灰意冷，决定放弃。靖仇离开大兴后遇见李世民，并与张烈重逢，并在他们的协助下再度对抗宇文拓。陈靖仇来到通天塔顶，打败了宇文拓，还将其右臂砍下，宁珂趁机发动偷袭，西方魔界终于降临，原来宁珂郡主是撒旦手下的女魔将，是一切阴谋背后的真正主导人。众人到仙山岛寻求帮助，众人夺回琴、鼎、印，并在古月仙人帮助下列出失却之阵，以宇文拓的崑崙镜力量回到魔界降临被划破之前。之后一行人透过代替虚空之阵的巴别之路前往天上界，并顺利到达赤贯核心修补「神州九天结界」。失却之阵即将再次啓动时，宁珂再次出现，却被众人打倒。宁珂临终前，说出了自己附身宁珂郡主的真相，最后在古月仙人帮助下，将灵魂封入伏羲琴中淨化。此时，误以为陈靖仇背叛，并在独孤宁珂唆使之下魔化的陈辅企图破坏赤贯星，陈靖仇只好忍痛将之除去。

赤贯星成功封印，众人回到人间，已是十年之后……

陈靖仇

游戏主角，孤儿，为南北朝陈朝末裔，陈灭亡后，被师傅陈辅抚养长大，虽然师傅对其寄予厚望，但他却一直无心复国，喜诗词歌赋，重朋友、轻名利，被其师责为软弱无能，胸无大志。受师傅影响很大，乐于助人，虽然软弱怕事，但是却能为朋友奋不顾身。后期受拓跋玉儿影响，逐渐坚强。

在小雪结局中，与小雪在终南山上陈辅墓前祭拜，而因为失却之阵的缘故丧失了对玉儿的记忆。

在玉儿结局中则是与玉儿结为连理，两人终生居住在供奉女娲石和陈辅墓的终南山下耕读侠义，以神仙侠侣而闻名。

于小雪

于小雪是游戏中的女主角之一，孤儿，被月河村的客栈老板收留，因一头白发，被村民认为是妖物，倍受歧视（其实是因为其为女娲石转世的缘故）。后来因为亲人全部被鲛精杀死，只好跟着陈靖仇一起旅行。性格温柔腼腆、内敛自卑、在陈靖仇等同伴的关心下，逐渐走出丧失亲人和自卑的阴影，暗恋靖仇，但因为个性害羞加上顾虑与靖仇及玉儿三人的伙伴关系，所以迟迟不敢表达。

后期又受到宇文拓的影响，认识到自己所肩负的使命。

在玉儿结局中因力量耗尽而变回为女娲石，并以需要六百年才能回复人形为代价，将还给了靖仇因失却之阵而丧失的对陈辅之记忆，六百年后经常被见到在靖仇及玉儿的墓前祭拜。

值得注意的是，在试玩版中的名子为黄小雪，且攻击绝招及战斗动作皆与正式版稍有不同。

拓跋玉儿

拓跋玉儿是游戏中的女主角之一，拓跋月儿之妹，鲜卑族。任性妄为，很让其姐姐和姐夫张烈头疼，行事不计后果，一心只想杀隋炀帝，结果在龙舟上行刺失败，被陈靖仇救下跳海逃生，后又在氐人女王责怨下自毁容貌以致生命垂危，幸得陈靖仇和于小雪细心照料才得以痊愈，之后认识到自己以前的错误。敢爱敢恨、率真直爽的性格被很多玩家所喜爱。

在小雪结局中并无复活，在投胎前与天神做了往后七世都只有二十岁寿命的条件交换来与靖仇见最后一面，之后投胎成为一户游牧人家的孩子。

张烈

张烈是主角的主要战斗伙伴之一，是拓拔玉儿的姊夫，但本身并不是突厥部落的人。妻拓拔月儿。后来因为担任失却之阵保护神器者而忘记自己心中最大的愿望（建立一个太平盛世）。这个角色的原型为唐代杜光庭所撰写之传奇《虯髯客传》中的人物虯髯客。另外，这个故事对李世民后来玄武门之变做了一个解释：因为十八岁的李世民在魔界降临后的中原为了当失却之阵的守护神器者，而忘记自己心裡最重要的亲情。

陈辅

陈辅是陈靖仇的师傅。当年为了保下陈靖仇这陈朝唯一血脉，陈辅不惜将自己的孙子换下陈靖仇。非常疼爱陈靖仇，但也恨其胸无大志，难以担当复国大业。虽然一心复国，容易误解为心胸狭隘，为人迂腐。但复国并非为了一己荣华富贵，而是为了陈朝。在获取假昆仑镜时不慎放出饕餮，为了避免其危害天下苍生，不惜将自己与其一同封于洞中。虽一生只为复国，但在拓跋玉儿死后也不再强求陈靖仇。在游戏的最后，陈辅被独孤宁珂所利用，服下撒旦之果[4]，阻挠众人重建神州九天结界，是个悲剧人物。

宇文拓

宇文拓有一头古铜色头髮及蓝褐双瞳之「阴阳眼」，被隋朝太师杨素收之为徒，北朝北周皇裔。游戏中他是崑崙镜转世，使用轩辕剑。在游戏的片头动画中他用轩辕剑一举歼灭了陈国的反抗军队。从出场直到游戏后期独孤宁珂的阴谋败露，他一直被主角一行人认为是一个企图通过失却之阵使自己成为皇帝的阴谋家。

但在最后，主角一行人终于了解了他的计划，并且共同排除困难封印赤贯星挫败了魔界阴谋。最后，他用轩辕剑与陈靖仇交换炼妖壶，并带着宁珂郡主的灵魂自我放逐至西方（后面则接续《轩辕剑参 云和山的彼端》的故事）。

古月仙人、然翁

即二代登场的古月圣和何然，两人在本作中已然成仙，不过在剧中的戏份却是大逆转，古月圣成了重要配角，几乎可列入主角一群中。

独孤宁珂

是隋朝贵族独孤家的掌上明珠，真实身分是魔界的女魔将，是撒旦侵略神州的前锋。对宇文拓怀有感情，在赤贯星上败给一行人后死亡，魂魄则被古月圣照著宁珂的请求封入了伏羲琴中，于九十九年后，宁珂的魂魄被洗去了魔性，在魔界中转世为妮可。不过在同期的大富翁5，妮可角色亦被解读成独孤宁珂死后的转世，意图将天之痕和大富翁系列做个连结。