东方辉针城

建在远离人类村庄的边远之地的神社。神社的巫女、博丽灵梦非常困扰。因为御币不听话了。随随便便动起来的御币。没错，这莫非是付丧神化了？那么这样一来不就成她的敌人了吗？但是，她并不打算行动。因为，自己动起来的道具非常方便。可能是因为感到内疚，她并没有告诉任何人。就在这时，不曾预料的事态发生了。——博丽神社。

全年都十分潮湿的森林。在其中有一个比较干燥的空间。那就是魔法使、雾雨魔理沙的家。看来驱赶周围的湿气，让这里干燥的，是她引以为豪的道具，迷你八卦炉。喷火的道具迷你八卦炉厌恶湿气。看来它是凭自己的意志行动的。她对如何对待随随便便行动起来的道具感到十分烦恼。该如何用这个妖器之火去烤焦妖怪……——魔法森林。

位于湖畔的恶魔栖息的洋馆。女仆长的十六夜咲夜，从吸血鬼那里接到了命令。「雾之湖有妖怪在大闹，给我想想办法」这种事。吸血鬼平时应当不会说这种话，但因为似乎有什么内幕。就没有深究，直接出击了。为什么会这么想呢。因为她最近发现了不可思议的剑。那是可以随随便便动起来的剑。暴动的妖怪与不可思议的剑。不可能毫无关联。因为，当她拿起那把剑，她也开始想大闹一场了。——红魔馆。

狂暴的妖怪引发的骚动四处发生着。随随便便行动起来的道具也随处可见。到底发生了什么。无论是灵梦她们，还是暴动的妖怪们，都不清楚。逐渐地，令人不安的云开始笼罩天空。巨大的建筑在强风中轧轧作响。幻想乡中响彻着不和协音。

道具会自己活动，本来温顺的妖怪突然大闹起来原来都是因为万宝槌的影响。唆使小人的天邪鬼虽然最后逃走了，但因为真正使用万宝槌的是小人，所以，灵梦决定对其进行监视。总感觉也没再有什么不良企图的样子。但就在那时，天空再次出现了诡异的云团。与逆城出现之时一样的，魔力风暴。即便去问小人，其回答也就是万宝槌处于魔力回收的时期，所以那不是我干的，这样。没办法，既然不知道原因就自己去探索吧。来吧，拿起武器，冲进那魔力风暴中去吧

本作中并没有特殊系统加入，取而代之的是经过了大幅度改动的奖励系统

奖励系统

在本作中，无论是上移到道具回收线上方、使用BOMB（符卡）还是进入对话，只要一次性回收道具数量达到一定数量（20个或以上，不分“P”和“点”道具）的话就可以获得奖励——额外的分数（道具总分+总分×倍数）和BOMB碎片；在奖励4个BOMB碎片后下一次回收奖励则会变成残机碎片1个，如此循环。收集3枚残机碎片可以获得1残机奖励，收集8个BOMB碎片可以获得1个BOMB奖励，全角色全难度下均为此比例。残机和BOMB的上限为8枚，残机数量满之后，所奖励的残机碎片则会改为增加BOMB碎片；若BOMB全满则无奖励。这一作中每一残拥有3个BOMB，而每次发生Miss后，虽然炸弹碎片会保留，但是完整的BOMB数则会被重置为3。

无Miss并且不使用炸弹击破Boss的非符或者符卡也会有碎片奖励，而且计入之前所述的循环之中。若一次性回收道具达60个，则会直接奖励残机碎片1个，这个碎片不计入之前所述的循环中。

总体来说，本作中的奖励系统类似于之前的作品的混合，获取BOMB碎片和残机碎片的难度大幅下降，这让整体的游戏难度有一定程度的下降；但ZUN也说过“这次的游戏呢，是属于在道中积攒残机，到了打BOSS的时候拿命来拼掉BOSS的类型。在道具多的时候使用Bomb就能很容易的收到奖命的碎片。”、“啥？你想No Miss No Bomb通关？那可就地狱了喽……。”这样的话，让BOSS战的难度有了相对程度的提升。

符卡练习模式

本作中，也包含了在《永夜抄》和《神灵庙》中出现过的“符卡练习”模式，只要在正常游戏中见过一次该符卡就能够解锁练习模式中的该符卡。

不过不同于之前的符卡练习模式，本作中并没有类似“Last Word”或者“Over Drive”那样的特殊符卡可以挑战。