东方永夜抄

永夜抄中总共拥有8位可使用角色，在游戏中她们两人一组组成4支队伍前往解决异变；不过在每支队伍通关之后，玩家也可以选择单独使用队内的一名成员进行游戏，但是游戏剧情并不会发生变化。每支队伍中的两名角色只能交替出场：高速（人）模式下是普通的攻击方式，低速（妖）模式下则是较为特殊的攻击方式。如果选择单人/单妖进行游戏的话，除了蕾米莉亚·斯卡雷特和魂魄妖梦，高低速无法切换攻击方式。

永夜抄特有一个“终符”系统：在关卡头目方面，每个关卡完成后，如果取得足够多的“夜点（Time）”，则她会额外发动一张符卡；在这个符卡中玩家不可以使用炸弹，但是中弹也不会造成任何损失（除了这张额外符卡的Spell Card Bonus）。在玩家自机方面，中弹时发动决死的话则会发动玩家“终符”，终符持续时间更长、威力更高，但是会损失两枚炸弹和大量夜点。而游戏中的“夜点”取得的多少会影响到玩家的得分和最终剧情的走向。

在永夜抄中，东方系列第一次出现了“符卡练习模式（Spell Practice）”，而且在满足一定条件之后还会解锁“终言符卡（Last Word）”。

这本来应该是一个平静安宁的夜晚。

时值幻想乡的满月之夜，月亮和平常看起来没有什么不同。

可是，看似完整的满月，却似乎不是真实的。

对于人类来说，月亮是不是真实的，没有什么太大的影响。

可是对于依赖满月的力量的妖怪们来说，没有满月，就意味失去力量，这可是攸关生死的问题。

“这是异变”，幻想乡的妖怪们如此判定着，纷纷找上了人类作为自己的搭档出发调查。

为了解决异变和取回满月，人类和妖怪联手将夜晚——停止了。

于是，这个晚上，就成为了——永夜。

正当夏季要过去的时候，幻想乡又再一次发生异变。本来在这一晚里会出现满月，但是月亮似乎因为某些事故以无法完整出现。这情况对人类来说没有什么特别，但对妖怪来说则是攸关生死的问题。

在幻想乡的境界栖息的妖怪八云紫察觉到这次异变的发生，因为自己一个人不方便行动，所以就邀请了博丽神社的巫女博丽灵梦一同出发解决异变；在魔法森林居住的魔法使爱莉丝·玛嘉托洛伊德看见没有人要去解决异变之下，找来了同样住在魔法森林的人类雾雨魔理沙作为同伴出发；红魔馆的主人吸血鬼蕾米莉亚·斯卡蕾特，把家事交托给十六夜咲夜后就自行出发了。但最后咲夜还是跟上了蕾米莉亚一起行动；白玉楼的主人亡灵西行寺幽幽子则随便地与庭师魂魄妖梦出外东西四走。以一人一妖组成的四个组别，为了让满月能再次出现，于是在幻想乡中四处巡回。

在前进过程中，主角们首先击退了拦路的萤火虫妖怪莉格露·奈特巴格和夜雀妖怪蜜斯蒂亚·萝蕾莱。路过人类村庄时，主角发现人类村庄消失了，原来是因为历史和知识的半兽——上白泽慧音察觉到了异变，利用自身吞噬历史程度的能力将人类村庄隐藏了起来。经过战斗之后，上白泽慧音被打败，她指示主角们应向迷途竹林前进。到了迷途竹林，主角们恰好碰到了前来解决异变的博丽灵梦/雾雨魔理沙[c]，灵梦/魔理沙以为主角们是停止夜晚、引发异变的元凶。双方经过交战，灵梦/魔理沙被打败，于是异变继续由主角们来解决。随后，主角们看到迷途竹林最深处的永远亭。在永远亭内，主角们打败了拦路的妖兔因幡帝和月兔铃仙·优昙华院·因幡，进入未被封住的门，看到了把满月隐藏起来的八意永琳和蓬莱山辉夜。原来是她们为了阻止来自月球的使者到达幻想乡，把真正的满月隐藏了起来，留下了虚假的月亮。经过一番战斗，永琳和辉夜被打败，幻想乡的月亮恢复了正常。另外永琳和辉夜也意识到幻想乡有结界保护，月球的使者无法进入幻想乡，因此没有必要再过躲躲藏藏的生活。

Extra关的剧情发生在永夜异变解决一个月之后。蓬莱山辉夜向主角们提出了“试胆”的活动，提议让主角们在满月之夜丑时三刻前往迷途竹林。在迷途竹林，主角们发现上白泽慧音已经因满月恢复而变为白泽形态的半兽，而且正在保护着某一个人。主角们将其打败，继续前进到竹林深处，然后遇到并击败了不老不死的藤原妹红。双方意识到，原来是蓬莱山辉夜想以“试胆”的名义让主角来骚扰虚弱的妹红。